La Junta Electoral, que actua ràpidament per tal d’obligar consistoris i polítics a despenjar l’estelada independentista, no es preocupa tant quan ocorren irregularitats durant la jornada electoral i el recompte de vots. Tot i les “greus irregularitats” denunciades per Junts, que va exposar que s’havien destruït vots exteriors per la seva suposada invalidesa abans que expirés el termini per impugnar-los. Així, l’ens electoral de Barcelona ha desestimat el recurs que va presentar Junts per repetir el vot exterior del 12-M en detectar aquestes “irregularitats”.
A banda de la presumpta destrucció de vots, la formació de Carles Puigdemont també va considerar que hi havia diferència entre el vot exterior (CERA) emès i l’escrutat a causa, precisament, de la destrucció de les paperetes. La Junta Electoral, però, ho ha desmentit assegurant “és rotundament fals”, i afirmant que el vot no va ser destruït i que està custodiat pels Mossos d’Esquadra. L’àrbitre electoral assenyala també que la diferència entre els vots emesos i els escrutats es deu als vots que no poden ser donats com a vàlids.
La JEP també ha desestimat un altre recurs de Junts manifestant el seu malestar perquè durant el recompte del vot exterior, els apoderats havien estat “retinguts”. L’àrbitre electoral insisteix que els apoderats van poder moure’s “amb la llibertat que permetia la zona d’escrutini”. També assegura que és falsa la denúncia de Junts sobre la rapidesa amb què es va fer l’escrutini del vot CERA.